曾經，來自海洋的神秘敵人“塞壬”向人類發起了猛烈的進攻，“碧藍航線”的少女們憑借著她們鋼鐵般的意志與敵人奮勇作戰，最終擊敗了對手，守護了人類。然而，隨著時間的流逝，碧藍航線內部因為理念的差異逐漸產生分化，衍生出了名為“赤色中軸”大的對立陣營。
被稱為“灰色的幽靈”的最強英雄企業（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但關鍵時刻意外的頂用的拉菲（長繩麻理亞 配音）、雖然年紀不大但成熟體貼的大黃蜂（山本希望 配音），個性好強但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面對動蕩的時局，當這些少女們再一次被推上戰場，會發生怎樣的故事呢？
