正在進行修業之旅的小智（松本梨香 配音）、小剛（うえだゆうじ 配音）、小遙（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一個城鎮的路上迷失方向。口渴難耐的他們在荒野中偶遇巡回表演的美麗少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的瑪麗娜劇團，于是隨著她們展開愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她們此行的目的是將曾被海盜凡頓?綽普（藤岡弘 配音）奪去的蒼海王子的蛋送回海之神殿，神殿內則藏著水之民的珍寶海之王冠。邪惡貪婪的凡頓豈能甘心失敗，他將與洋美、小精靈護林員杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展開激烈的正邪爭奪戰…… 本片為神奇寶貝系列第九部電影劇場版。
