神秘組織·GOD看中了神敬太郎博士的人類工學技術，逼迫其加入，教授拒絕而遭襲擊，兒子神敬介也被殺害，身受重傷的父親為了讓兒子復活，不顧自己的傷勢，親自執刀為兒子進行改造手術。敬介醒來后，父親已死，透過計算機留言，敬介了解GOD欲危害世界的陰謀，于是背負起對抗邪惡的責任，成為第五號的假面騎士·假面騎士X。
