洪荒時期，黃帝、炎帝、蚩尤三大部落爭取天下。炎帝部落老首領(lǐng)之子熾因不滿父親將首領(lǐng)之位傳于身世不明的炎而發(fā)動叛亂。炎帝平息了叛亂后，熾下落不明。不久，炎帝被黃帝打敗之后，突然隱姓埋名遠走他鄉(xiāng)。多年后炎帝化名為神農(nóng)，嘗百草救世人。多年后，熾化名為瘟神，處處與神農(nóng)作對，更制造出瘟疫，禍害世人，令神農(nóng)苦苦無法破解。　　炎帝部落的衰落使得爭取天下的大戰(zhàn)將在黃帝和蚩尤間展開。一次，雙方交戰(zhàn)正酣，突聞各自部下來報：自己部落中發(fā)生大規(guī)模瘟疫。黃帝和蚩尤立刻收兵，趕回各自部落查看救援。　　黃帝發(fā)現(xiàn)自己的很多子民在這場大瘟疫中患病、喪生，憂心忡忡。人群中，黃帝發(fā)現(xiàn)了幫助救治病人的神農(nóng)。兩個老對手再次相逢。黃帝對神農(nóng)既充滿怨恨又十分敬重。盡管神農(nóng)用盡了方法，也只能暫時控制瘟疫的蔓延，并不能夠徹底的消除瘟疫。神農(nóng)感懷世人疾苦，獨自祈求上天，以期求得清除瘟疫之法。　　天宮中，玉帝的妹妹花神生性豁達善良，眼中沒有尊卑長幼之分。玉帝的七個女兒七位仙女更被花神認做是知心的好姐妹。七位仙女雖然經(jīng)常被花神的一些古怪想法和言行折騰得不知所以，苦不堪言，但是從心底尊敬和喜歡這位平易近人、性格爽直的長輩。花神帶領(lǐng)七位仙女種植盤古大神死前留下的種子，實驗無數(shù)次均遭失敗，終于在一次偶然的機會下獲得成功。在玉帝的建議下，眾人把這種從未見過的東西以花神的名字命名為花。　　玉帝被神農(nóng)感動，召見神農(nóng)。神農(nóng)稟明來意。玉帝表示此乃人間必然的劫數(shù)，天庭不便插手。神農(nóng)失望欲歸。花神久聞人間的神農(nóng)嘗遍百草，正好與自己興趣相投，偷偷在南天門攔下神農(nóng)，邀請神農(nóng)互相切磋，交流心得。神農(nóng)在花神處看到花，十分驚奇。神農(nóng)研究后發(fā)現(xiàn)，百草的藥性不足以清除瘟疫，而花正是清除瘟疫的良方。花神得知花除了裝點天宮，在人間還有如此妙用，十分慷慨地送給神農(nóng)花的種子和一些花瓣。　　神農(nóng)回到人間，嘗試用花瓣和草藥混合用藥，成功地化解了這場瘟疫。蚩尤蠢蠢欲動，黃帝準備應(yīng)戰(zhàn)，神農(nóng)置身事外精心栽培花種，愛人若兮默默從旁相助。　　花神在天庭成功培育出百種花品。百花宴上眾仙同賀，玉帝龍顏大悅。花神想起神農(nóng)，對神農(nóng)在人間種植鮮花的進展情況充滿好奇。在七仙女的協(xié)助下，花神混出天宮，來到人間尋找神農(nóng)。毫無下凡經(jīng)驗的花神落到河邊的一個小村子里，遇到龍?zhí)訋еr兵蟹將強搶民女，花神挺身而出，龍?zhí)哟瓜鸦ㄉ衩烂玻p方動起手來。花神發(fā)現(xiàn)自己的神仙法力無法在人間施展，終于失手不敵，被龍?zhí)忧芑佚垖m。　　玉帝發(fā)現(xiàn)花神失蹤，七仙女只得說出實情，玉帝震怒，派出千里眼，順風(fēng)耳查找，竟未發(fā)現(xiàn)花神蹤跡。太白金星指出未經(jīng)玉帝批準下凡的神仙是沒有法力的，七仙女更加擔(dān)心花神的安危，主動提出要戴罪立功下凡尋找花神，在太白金星的力保之下，玉帝準奏，派二姑娘、五姑娘和六姑娘三人下凡。　　龍?zhí)影鸦ㄉ耜P(guān)押在龍宮密室，意圖不軌。花神逃出龍宮，順手拿走了龍宮中的寶物。花神逃到岸邊筋疲力盡，龍?zhí)游搽S追來，黃帝偶遇落難的花神，上前阻止龍?zhí)樱執(zhí)佑命S帝于死地，卻莫名其妙地被黃帝打傷逃走。黃帝把昏迷的花神救回軍營之中。　　花神醒來發(fā)現(xiàn)自己已經(jīng)脫險。黃帝與蚩尤即將交戰(zhàn)，勸花神離開。花神感激黃帝，決定先留下來幫助黃帝。花神充當黃帝的先鋒出戰(zhàn)，蚩尤輕敵被花神打敗。黃帝也為花神的豪爽性情所感，把酒言談中，二人結(jié)拜為兄妹。花神從黃帝處打聽出神農(nóng)蹤跡。黃帝十分好奇義妹之身份。黃帝交給花神一個發(fā)簪，讓花神遇到若兮后交給她。花神不明內(nèi)情，還是答應(yīng)。翌日黃帝酒醒，發(fā)現(xiàn)義妹花神已經(jīng)留書作別悄然離去。　　三位仙女下凡來到太古城，卻因為相貌被玉帝變丑，處處遭人排斥。以釀酒換取物品為生的杜族族長杜康為人爽直，收留了三位仙女。以當成媒婆為人生最大理想的夫人寶娘卻精于算計。三位仙女被困在杜康府中干雜活。　　神農(nóng)培植鮮花未果，焦急中一夜白發(fā)。若兮安慰神農(nóng)。神農(nóng)初顯咳血癥狀，瞞過了若兮。花神找到神農(nóng)，神農(nóng)大喜。花神留下一起與神農(nóng)進行實驗。　　三位仙女幫寶娘打雜多日，在寶娘的刻薄算帳方法之下竟然還是未能脫身。寶娘前去太古城勢力最大的趙族族長府說媒，被趕回。寶娘忿忿不服。　　花神的努力也未能奏效，情急之下要去附近的太古城采集新的泥土和水樣。若兮悄悄把花神稍來的發(fā)簪送給花神做盤纏。神農(nóng)發(fā)現(xiàn)了發(fā)簪，幫若兮留了下來。　　花神在太古城遇到了三位仙女。三位仙女也因為找到了花神，完成了任務(wù)而被取消了限制，恢復(fù)了容貌。趙族族長之子趙公明偶遇六姑娘，竟然對六姑娘一見鐘情。寶娘做媒婆的夢想再次得到發(fā)揮的空間。　　三位仙女催促花神返回天庭。花神見花在人間始終培育不出，也想回天庭查明原因。眾仙子遂回到天宮。　　玉帝訓(xùn)斥了花神。其間龍王因丟失寶物帶領(lǐng)龍?zhí)酉蛴竦鄯A告請罪。龍?zhí)影l(fā)現(xiàn)花神竟然是玉帝的妹妹。龍?zhí)右环妻q讓花神也有理說不出。龍?zhí)佑挚瓷狭宋骞媚铮较蛴竦厶峄椤；ㄉ駱O力反對，玉帝不好回絕，兩難下只得決定比武招親。　　花神為五姑娘想到計策，在比武中用玫瑰花刺傷了龍?zhí)樱執(zhí)鱼ァ！　』ㄉ裨谔侠暇奶嵝严陆K于明白人間水土不行。只有用盤古身軀和血脈化成的凈土和真水才能在人間種植出鮮花。花神決定再次下凡尋找分布于五岳的凈土和天池的真水。花神最終說服了玉帝，帶領(lǐng)二姑娘、五姑娘和六姑娘重新回到了處于五岳當中的太古城。杜康府成為了眾人的中轉(zhuǎn)之地。神農(nóng)也加入了進來。　　在東岳，龍?zhí)釉O(shè)計陷害眾人，終被識破，其間花神等人還認識了孝順的句芒。凡人進入東岳有去無回的迷團也被花神解開。花神與東岳之精女魃還結(jié)成了好姐妹。　　在南岳，花神幫助村民趕走了年獸。把法寶噬火珠傳給了五行屬火的祝融。南岳中，花神等人被數(shù)個年獸一樣的兇猛怪獸圍困，卻沒想到在暗中操縱的正是花神好心救下的小狗小黑。花神受傷與眾人失散，被一對神鹿了了和樂樂所救。眾人被小黑引入神秘的神之禁地。花神請來二郎神幫忙。土地、灶王、灶婆、山魅等也趕來相助。神之禁地終于被破解。小黑也被二郎神收服。花神為小黑起名為哮天。　　在西岳，花神結(jié)識了獵戶后羿和嫦娥。西岳山神的兒子華山三郎是龍?zhí)拥呐笥眩O(shè)計陷害了花神等人，卻被神秘人救下。蟒精紅姑娘被龍?zhí)用沈_，前來尋找花神為龍?zhí)訄蟪稹＜t姑娘受傷離去。六姑娘也身受重傷。趙公明和句芒分別心儀六姑娘和二姑娘，結(jié)伴前來西岳找尋，卻救下了紅姑娘。二人拜紅姑娘為師。　　在北岳，花神幫助了夸父族，解開了夸父追日之迷。紅姑娘步步緊逼，花神卻一再放過紅姑娘。紅姑娘開始對花神改變了看法。　　神農(nóng)失明，讓大家虛驚一場。而躊躇滿志的黃帝卻被蚩尤和刑天的聯(lián)軍打得大敗。若兮也在這場大戰(zhàn)中不幸遇難。若兮的死徹底激怒了花神。花神不顧眾人勸阻，幫助義兄黃帝追殺蚩尤。玉帝調(diào)查花神行蹤時發(fā)現(xiàn)花神違反天庭禁忌，插手人間的爭斗，怒而下凡，欲讓黃帝輸?shù)暨@場戰(zhàn)役。黃帝與玉帝一戰(zhàn)竟然是平局收場。黃帝也明白了自己的身世。原來女媧有三個子女：除了女兒花神外，玉帝掌管天宮，黃帝掌管人間。為保持平衡，黃帝在人間的法力是被封印住的。而為了不讓天庭對人間橫加干涉，為所欲為，黃帝在遇到神仙時，封印就會被解除。花神這才知道，義兄黃帝竟然是自己的親哥哥。同時，花神也清楚了黃帝與炎帝神農(nóng)以及本為黃帝愛人若兮之間的恩恩怨怨。　　玉帝率眾返回天庭，但仍對黃帝心存芥蒂。黃帝得知花神等人的目的，也極力支持花神找到凈土與真水，讓鮮花開滿人間。花神等人再次踏上征程。神農(nóng)卻因傷心過度，獨自離開。頹廢的神農(nóng)偶遇無名人，欲隨之避世不出。無名人重新激起了神農(nóng)對生活的信心。神農(nóng)也知道了面前的無名人的真實身份：人王伏羲，自己的父親。　　在中岳，神農(nóng)與眾凡人聯(lián)手破除了連神仙都很棘手的五行陣。之后，花神違抗玉帝的旨意，從二郎神手中救下了朱雀。四圣獸齊聚花神麾下。龍?zhí)有逕挻蟪桑鲫P(guān)擒下花神眾人，逼迫五姑娘成親。尾隨花神等人的紅姑娘出手相救，卻被龍?zhí)又貍蛳律窖隆；ㄉ竦热嘶琶χ刑舆M一個山洞，發(fā)現(xiàn)此山洞機關(guān)重重，異常神秘。原來此山洞正是最后一處凈土的收藏地，看護者乃是伏羲。伏羲拒絕交出凈土，提出用比武的方式?jīng)Q定凈土的歸屬。比武中，伏羲激發(fā)了神農(nóng)巨大的潛力，讓神農(nóng)明白人類也可以掌握強大的力量。伏羲含笑死在神農(nóng)手上。　　瘟神的主人神秘人救下了紅姑娘，并賜予她強大的力量。紅姑娘假意投靠神秘人，接到的第一個命令卻是暗中保護花神等人。　　花神得到消息，黃帝終于打敗了蚩尤，統(tǒng)一了中原。沒多久，突變襲來。天上出現(xiàn)了十個太陽。玉帝取出盤古留下的神弓卻無法使用。花神找到了后羿。后羿用神弓射下了九個太陽。后羿深愛嫦娥，謝絕了玉帝招他成仙的邀請，只是推辭不過，收下了王母賞賜的仙丹。后羿徒弟逢蒙覬覦仙丹，趁后羿出門想偷取仙丹卻被嫦娥發(fā)現(xiàn)。爭斗中，嫦娥情急之下吞下仙丹飛天而去。后羿誤會嫦娥，幾欲射殺嫦娥。花神讓后羿明白了事情的真相。逢蒙卻被神秘人救走。　　在天池附近，花神等人遇到了水靈族人。花神答應(yīng)水靈族長老幫助解決水靈獸發(fā)狂導(dǎo)致族人斷水一事。水靈族的共工跟隨花神等人前去天池。花神等人敵不過水靈獸。花神和神農(nóng)被水靈族上任長老救下，又得知了水靈族以及真水、水靈獸跟女媧之間的來龍去脈。與此同時，花神對神農(nóng)的感情也慢慢發(fā)生了變化。花神收服了水靈獸。共工卻吞下水靈獸的內(nèi)丹成為水神，搶奪真水。祝融修行經(jīng)過此地，與共工進行了一場水火大戰(zhàn)。共工逃走，花神為了真水回到水靈村查詢共工的下落，卻發(fā)現(xiàn)水靈族人被逢蒙和紅姑娘劫持。逢蒙要求花神交出真水。紅姑娘殺掉逢蒙，獨自離去。花神也接到消息，天庭再遭變故，玉帝失蹤。人間的黃帝也忽得怪病，昏迷不醒。天人兩界一片大亂。花神暫時放棄了取最后的真水，開始著手調(diào)查。　　一直隱藏在暗處的神秘人魔帝終于現(xiàn)身，他從花神處偷得了部分凈土，吸取了其中的力量，并占用了龍?zhí)拥纳碥|，妄圖稱霸天人兩界。花神再次得知了令自己震驚的家族秘史：盤古開天后，筋骨血脈化為人間的凈土真水。女媧吸收了天地之靈氣，隨后生下玉帝、黃帝與花神。女媧也開始造人做為黃帝的子民。正當女媧準備神游天外的時候，竟然又生下一子。此子降生時伴有天劫：天上破了一個大洞。女媧認為此子為不祥之人，補天后，把此子封印在九重天外。然后自己神游而去。魔帝默默孕育修煉，終于沖破封印，發(fā)現(xiàn)天上人間并無自己容身之處。不甘心的魔帝便開始了報復(fù)計劃，意圖統(tǒng)一天人兩界。　　花神連勸帶斗仍然控制不住魔帝的擴張。危難中，趙公明和六姑娘等幾對情侶也終于沖破了內(nèi)心的顧慮，走到了一起。瘟神和共工戰(zhàn)死。后羿、紅姑娘、趙公明、句芒、寶娘等人也紛紛死在魔帝手中。花神不顧一切違反天宮第一禁忌進到盤古洞中，拿出開天斧，要和魔帝生死決戰(zhàn)。不料花神自己被開天斧控制了神智，戾氣大增，反而同魔帝聯(lián)起手來。　　水靈族長老用生命為代價救下神農(nóng)，并傳給他水靈咒。神農(nóng)用水靈咒喚醒了花神。花神欲行刺魔帝被魔帝發(fā)現(xiàn)。魔帝開始追殺花神。岌岌可危之時，女媧回歸，降伏了魔帝。花神勸說母親放過魔帝。女媧遂開辟了冥界供魔帝職掌。　　眾人皆以為天上人間重歸太平。不料女媧看見人間仍然是荒蕪一片，紛亂四起，十分寒心，有了滅世的念頭。玉帝和黃帝聯(lián)手與女媧一戰(zhàn)，終不是女媧的敵手。緊要關(guān)頭，花神取得了真水，人間終于開出鮮花。女媧見此景象，認為人間尚有希望，打消了滅世的念頭，再次神游而去。　　天上人間重歸和諧。神農(nóng)也寫出利用鮮花和草藥制成的藥方，供世人對付瘟神留下的瘟疫。神農(nóng)再也隱瞞不住自己的病情，終于病發(fā)。原來神農(nóng)嘗遍百草，體內(nèi)毒素已經(jīng)到了不可控制的地步。神農(nóng)再次拒絕了花神化身成仙的建議。花神含淚看著神農(nóng)死去。花神率領(lǐng)七仙女在天上灑下鮮花，仿佛在滌清人間一切污穢，又仿佛在默默懷念著神農(nóng)。